Son varios los Parques Nacionales que encontramos en Croacia, de ellos algunos pertenecen a la Península de Istria, como es el caso, por ejemplo, de las Islas Brijuni, o del Parque nacional de Kornati. La naturaleza tanto en la península de Istria como en sus alrededores es amplia y destacada.

En la Península de Istria también debemos destacar el Canal de Lim, una reserva marina donde bucear puede ser una experiencia inolvidable disfrutando de la flora y la fauna marina, así como la Reserva natural de Vrsar.

Brijuni es un Parque Nacional compuesto por dos grandes islas y una docena de pequeñas islas ubicados cerca de Pula. Su superficie es de unos 40 kilómetros cuadrados, y su fauna y su flora son abundantes. En este Parque Nacional encontramos un zoo. Por otro lado el Archipiélago de Kornati es la zona más abrupta del Mediterráneo, y se extiende desde Istria hasta la Costa Dalmacia.